#!/bin/tcsh
#$ -pe openmpi 3
#$ -l dedicated=24 
#$ -e Class3D/run2_ct5.err
#$ -o Class3D/run2_ct5.out
#$ -A Relion 
#$ -cwd
#$ -S /bin/tcsh

# Environment
source ~/.cshrc

mpiexec -n 12  `which relion_refine_mpi` --o Class3D/run2_ct5 --continue Class3D/run2_it005_optimiser.star --iter 10 --tau2_fudge 4 --oversampling 1 --healpix_order 3 --sigma_ang 3.66667 --offset_range 5 --offset_step 2 --j 6